经济上，清朝中央政府采取一系列措施，加强对财政的管理与调配，以保障平叛战争的物资供应。一方面，大力整顿税收制度，严厉打击偷税漏税行为，增加中央财政收入；另一方面，削减不必要的开支，集中财力支持战争。同时，积极鼓励地方士绅和商人捐款捐物，为军队提供粮草、武器等物资援助。
在军事战略调整方面，康熙皇帝认识到吴三桂是叛军的核心力量，决定集中优势兵力，先对吴三桂进行重点打击。他任命图海为抚远大将军，率领精锐部队在陕西战场对吴三桂叛军展开进攻，逐步收复失地，稳定西北局势。同时，在湖南战场，清军改变战术，采取坚守与骚扰相结合的策略，不断消耗吴三桂叛军的有生力量。在江西、浙江等地，清军在与耿精忠叛军的战斗中逐渐占据上风，通过长期围困和分化瓦解，使耿精忠叛军内部发生分裂，战斗力不断削弱。
在陕西战场，图海率领清军迅速出击。他深知王辅臣的重要性，因此在进军过程中，不断派人向王辅臣传达康熙皇帝的招抚之意。同时，清军在军事上也对王辅臣叛军形成强大压力。图海指挥清军攻克了一些叛军据点，逐渐逼近王辅臣的盘踞之地平凉。王辅臣在清军的军事打击和政治招抚下，内心动摇。最终，他决定开城投降。清军顺利收复陕西大部分地区，稳定了西北局势，并且得以抽调部分兵力增援其他战场。
在湖南战场，清军在坚守城池的同时，组织小股部队对吴三桂叛军进行骚扰作战。他们利用当地的地形，开展游击战，袭击叛军的补给线和后方营地。例如，清军将领蔡毓荣率领一支轻骑部队，多次深入叛军控制区域，烧毁叛军的粮草仓库，抢夺叛军的物资。这使得吴三桂叛军在前线的补给出现困难，不得不分出兵力来保护后方。同时，清军还在长江北岸加强防御工事，防止叛军渡江北上。并且，清军不断从各地调集援军，增强在湖南的兵力，为日后的反攻做准备。
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在江西和浙江战场，清军在与耿精忠叛军的战斗中逐渐扭转局势。清军将领岳乐在江西采取长期围困的策略，将耿精忠叛军主力围困在南昌等城市。他切断了叛军的补给线，使叛军陷入困境。同时，清军还对叛军进行分化瓦解，对