左宗棠一面派出援军，一面将军情上奏给朝廷。
一
巧的是，左宗棠的折子抵达京师的时候，曾国藩正带着曾国荃以下出力将弁，
圣旨这样写道：
曾国藩奏克复金陵，全股悍贼数歼灭。又据曾国荃奏，亲讯李万材，供称：“城破后，伪忠王之兄、巨王、幼西王、幼南王、定王、崇王、璋王等，乘夜冲出，被官军马队追至湖熟桥边，将各头目全行杀毙，更无余孽。”曾国荃又奏，据城内各贼供称：“首逆洪秀全实系本年五月间，官军猛攻时，服毒而死，瘗于伪宫院内。立幼主洪天贵福重袭伪号。城破后，伪幼主积薪宫殿举火自焚。”又奏，至伪忠王李秀成一犯，城破受伤，匿于山内民房，十九夜提督萧孚泗亲自搜出，并擒王次兄洪仁达。二十日，曾国荃亲讯，供认不讳等语。览奏朕心实悦。钦差大臣协办大学士两江总督曾国藩，自咸丰四年
接下来，圣旨又对记名提督李臣典、萧孚泗等一班大将逐一封赏。
按照曾国荃的说法，金陵城里所有的这个王那个王，都被他的部下剿杀，无一漏网。曾国藩相信了自己弟弟的说法，把弟弟的汇报原封不动地转奏给了朝廷。
第二道圣旨这样写道：
钦差大臣科尔沁博勒噶台亲王僧格林沁，已迭次加恩晋封亲王，世袭罔替，著加赏一贝勒，令其子布彦讷谟祜受封。钦差大学士湖广总督官文，加恩锡封一等伯爵，世袭罔替，并加恩将其本支毋庸仍隶内务府旗籍，著抬入正白旗满洲，赏戴双眼花翎。江苏巡抚李鸿章，著加恩锡封一等伯爵，并赏戴双眼花翎。长江水师提督杨岳斌，加恩赏加一等轻车都尉世职，并赏加太子少保衔。兵部右侍郎彭玉麟，著赏加一等轻车都尉世职，并赏加太子少保衔。
圣旨又
闽浙总督署浙江巡抚左宗棠、江西巡抚沈葆桢等均候闽、赣等省军务平定后再行加恩。
但江西巡抚沈葆桢与闽浙总督左宗棠的奏折进京后，形势立时急转直下，朝廷马上给两江总督衙门追
据沈葆桢奏，江西潜入大股贼匪。又据左宗棠奏，刘典
圣旨最后又特别注明：“该旨著抄送左宗棠、沈葆桢看。”
二
左宗棠见到这道圣旨后，无异于晴天遭遇了霹雳，险些晕倒
他万没想到，曾国藩
值得庆幸的是，朝廷并未因此事而把曾国藩怎么样，只是责令其“严查太平门缺口防守不力人员”。设若朝廷因此事而降罪于曾国藩，左宗棠不仅无颜面对曾家兄弟，也无颜面对湘系的所有统兵大员，亦无颜面对李鸿章及其所属淮系的统兵将领。
左宗棠开始忧心忡忡，不知如何面对自己的恩公曾国藩。
后来，左宗棠的家眷入闽，路过金陵时