当嘉靖皇帝看到这篇疏文时，果然龙颜大怒，下令立即逮捕海瑞，将他关进监狱，等候处死。海瑞在狱中，却表现得极为镇定自若。他早已将生死置之度外，心中只牵挂着国家和百姓的命运。在狱中，他继续读书写字，思考着国家的治理之道。幸运的是，嘉靖皇帝并没有来得及处死海瑞。不久之后，嘉靖皇帝驾崩，新皇帝隆庆继位，海瑞被赦免出狱，并被任命为大理寺丞。
五、巡抚应天，推行改革
海瑞出狱后，被任命为应天巡抚，管辖范围包括南京、苏州、常州等重要地区。这些地区是明朝的经济重心，但同时也存在着诸多严重的问题，如土地兼并严重、水利失修、赋税不均等。海瑞到任后，决心以自己的力量，对这些地区进行全面的改革，改善百姓的生活状况。
在土地问题上，海瑞采取了强硬的措施，打击土地兼并现象。他要求豪强地主们退还非法侵占的土地，将其重新分配给无地或少地的农民。他亲自率领官员们深入农村，进行土地清查，对那些拒不退还土地的豪强地主，依法严惩。这一举措得到了广大农民的热烈拥护，但也引起了豪强地主们的强烈反对。他们纷纷通过各种关系，向朝廷施压，试图阻止海瑞的改革。例如，江南的一些大地主联合起来，买通朝中官员，弹劾海瑞，说他的做法扰乱了地方秩序，损害了地主阶级的利益。然而，海瑞不为所动，他坚信自己的做法是正确的，是为了维护社会的公平正义和国家的长治久安。
水利是农业的命脉，应天地区的水利设施由于长期失修，在雨季时常发生洪涝灾害，而在旱季又无法有效地灌溉农田，严重影响了农业生产。海瑞组织人力物力，对当地的水利设施进行了大规模的修缮和整治。他亲自到现场指挥施工，与百姓们一起劳动，鼓舞了大家的士气。在治理吴淞江时，他深入考察地形，制定了详细的治水方案