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东昌之战后，盛庸继续抵抗。还有淮安城等地方官员出于对建文帝忠诚，组织当地军民抵抗朱棣靖难军，紧闭城门加强城防，拒绝提供便利。但随着朱棣军队推进，这些地方势力抵抗逐渐被瓦解。
八、南京陷落，皇位易主
1402年，朱棣的靖难军兵临南京城下。此时南京城因建文帝决策失误、朝廷内部冲突，防守力量薄弱。
建文帝得知军队逼近，试图组织抵抗，召集剩余将领士兵分配守城任务，但城内人心惶惶，士兵战斗意志丧失。
朱棣军队发起进攻，将领们发挥作用，有的率士兵攀爬城墙，有的指挥炮兵轰击城门，很快攻破城门。
建文帝见大势已去，或在宫中纵火自焚，或趁乱逃出宫下落不明。朱棣进入南京城后宣布即皇帝位，改年号为永乐，成为明成祖。
在攻城前，城内建文帝亲信大臣组织抵抗但未成功，部分忠于建文帝的将领见大势已去倒戈相向，加速了南京城陷落。
九、夺位之后，巩固统治
朱棣夺位成功后面临诸多问题需解决。
他首先清洗建文帝时期旧臣，方孝孺因拒绝为他起草即位诏书，被处以灭族之刑。方孝孺是着名学者文学家，在士人中声誉高，朱棣多次劝说无果后恼羞成怒下此狠手，此事引起极大轰动。
同时，朱棣着手重建朝廷政治秩序，重新设立官职，调整政府机构设置，任命信任官员担任重要职务，加强对朝廷控制。
在军事方面，继续加强北方边防，多次亲征蒙古，保障边境安全。经济方面，推行促进经济发展措施，兴修水利、鼓励商业发展，修建大型水利工程改善农田灌溉条件，提高农业产量，放宽商业限制促进商品流通和贸易发展。
在文化方面，下令编纂《永乐大典》，组织大批学者文人参与编纂，历时数年完成这部汇集大量知识文献、对中国文化传承发展起重要作用的巨着。
此外，对曾经支持建文帝但后来归顺自己的人给予宽容待遇，